Seit inzwischen 300 Jahren versickert die noch junge Donau zwischen Immendingen und Möhringen an etwa 150 Tagen im Jahr vollständig im wasserdurchlässigen Karstgestein, um erst viele Kilometer später wieder aufzutauchen. Seit Millionen von Jahren fließt die Donau vom Schwarzwald in Richtung Osten bis ins Schwarze Meer. Am Oberlauf des Flusses kündet nur noch ein Tal davon, dass sich hier einst ein mächtiger Fluss seinen Weg bahnte. Kein Vergleich zu dem sich heute hier schlängelnden Rinnsal. Nur wenige Kilometer nach ihrer Entstehung, dem Zusammenfluss von Brigach und Breg bei Donaueschingen, verschwindet die Donau sogar ganz. Zwischen Immendingen und Möhringen trifft der junge Fluss auf wasserdurchlässiges Gestein, verlässt den Lauf nach Osten und fließt durch eine Vielzahl unterirdischer Höhlen eine Strecke von etwa zwölf Kilometern in Richtung Süden, tritt zu großen Teilen in Deutschlands größtem Quelltopf, der Aachquelle, wieder aus. Von hier strömt ein Teil des Wassers in den Bodensee, vereinigt sich mit dem Rhein und macht sich auf den Weg in die Nordsee. Filmemacher Axel Nixdorf begleitet Höhlenforscher, die sich das außergewöhnliche Phänomen des verschwindenden, unterirdischen Flusses genauer ansehen. Angetrieben von dem Gedanken, im Berg das vermutlich größte Höhlensystem Deutschlands zu entdecken, arbeiten sie sich seit über 20 Jahren der Donau entgegen. Tauchgänge in den Quelltopf der Aach enden wegen eingestürzter Höhlendecken nach nur 600 Metern. Deshalb wurden vom Bergrücken aus senkrechte Schächte gebohrt. Nach vielen Enttäuschungen und manch überwundener Mutlosigkeit fanden die Forscher schließlich in über 100 Metern Tiefe den verborgenen Fluss, den sie "Die Schwarze Donau" nennen. In waghalsigen, mitunter lebensgefährlichen Tauchgängen arbeiten sich die Höhlenforscher nun durch den kilometerlangen Berg. Andere suchen auf dem Bergrücken nach möglichen Einstiegen in das Höhlensystem. Sie alle tun dies, um dem außergewöhnlichen Phänomen eines verschwindenden Flusses auf die Spur zu kommen.